单位层面内部控制
单位对经济活动的控制包括单位层面的控制和业务层面的控制。单位层面的控制是业务层面控制的基础，包括内部控制的组织机构、议事决策机制、关键岗位责任制、会计机构及人员、内部控制信息化建设和内部控制文化建设等控制要求。
（一）内部控制工作领导小组
事业单位开展内部控制，应当成立内部控制工作领导小组，单位负责人担任组长，对本单位内部控制的建立健全和有效实施负责。内部控制工作领导小组的主要职责有：（1）对内部控制工作实施领导和指挥，明确各部门（岗位）在内部控制体系中的分工和职责。（2）监督内部控制工作进度，解决内部控制工作中的重点和难点问题。（3）负责审批与内部控制、风险评估、内控评价等有关的政策和制度，对内部控制工作各阶段的成果进行验收、确认。（4）领导内部监督部门对内部控制执行情况进行监督和评价，督促相关部门对内部控制制度进行修订和完善。
（二）内部控制职能部门
单位应当单独设置内部控制职能部门或者确定内部控制牵头部门，具体负责组织协调内部控制工作。同时，应当充分发挥财会、内部审计、纪检监察、政府采购、基建、资产管理等部门或岗位在内部控制中的作用。内部控制职能部门的主要职责有：（1）具体负责组织协调单位内部控制日常工作。（2）拟定内部控制工作方案或计划，组织开展内部控制工作。（3）协助风险评估小组开展风险评估工作。（4）整理单位内部控制工作成果并组织对相关人员的培训。（5）组织相关部门对内部控制进行整改和完善。
（三）内部控制监督部门
单位审计部门可行使内部控制监督职能，主要职责有：（1）制定内部控制监督办法，对内部控制进行审计和监督。（2）制定内部控制评价办法，对内部控制的有效性进行评价。（3）督促相关部门对内部控制进行整改和完善。
（四）明确相关业务部门内控职责
内部控制相关业务部门的主要职责有：（1）负责对本部门经济活动及业务流程进行梳理和风险评估。（2）负责本部门内部控制制度的建立健全和有效执行。（3）建立与其他部门的沟通协调机制，充分发挥各部门的作用。（4）加强对本部门实施内部控制的日常监控并持续进行完善。
（五）单位决策控制
单位应当建立健全集体研究、专家论证和技术咨询相结合的议事决策机制。重大经济事项的内部决策，应当由单位领导班子集体研究决定。重大经济事项的认定标准应当根据有关规定和本单位实际情况确定，一经确定，不得随意变更。单位的重大经济事项一般包括：大额资金使用、大宗资产采购、基本建设项目、重大外包业务、对外投资和融资业务、重大资产处置以及预算调整等。单位领导班子集体由党委、行政和纪检的主要领导组成。领导班子议事决策规则应当包括议事成员的构成、决策事项的范围、投票表决规则、决策纪要的撰写、流转和保存以及决策事项的贯彻落实和监督程序等。
单位经济活动的决策、执行和监督应当相互分离。建立相互分离的决策、执行和监督机制应当适应单位的实际情况，可以根据经济活动的特点建立联合工作机制。
（六）执行控制
单位可对各项经济活动确定归口管理部门或岗位，明确办理业务和事项的权限范围、授权审批方式、审批程序和相关责任。经济业务审批人应当在授权范围内进行审批，不得超越审批权限。业务经办人应当在授权范围内，按照审批人的批准意见办理业务。严禁未经授权的机构或人员办理业务。
单位应当建立健全内部控制关键岗位责任制，明确岗位职责及分工，确保不相容岗位相互分离、相互制约和相互监督。单位应当实行内部控制关键岗位工作人员的轮岗制度，明确轮岗周期。不具备轮岗条件的单位应当采取专项审计等控制措施。内部控制关键岗位主要包括预算业务管理、收支业务管理、政府采购业务管理、资产管理、建设项目管理、合同管理以及内部监督等经济活动的关键岗位。内部控制关键岗位工作人员应当具备与其工作岗位相适应的资格和能力。单位应当加强内部控制关键岗位工作人员业务培训和职业道德教育，不断提升其业务水平和综合素质。单位应当以岗位责任书等书面形式，明确关键岗位的专业能力和职业道德要求，明确岗位职责、岗位权力及分工，并按照岗位责任书的要求进行岗位设置、人员配备和人事考核。
岗位设置和授权时应考虑不相容岗位的要求。不相容岗位一般包括：事项申请与审核审批、审核审批与业务执行、业务执行与稽核检查、业务执行与会计记录、会计记录与财产保管、财产保管与清查稽核等。会计领域或会计部门不相容岗位包括：授权批准与业务执行、业务经办与审核、业务经办与会计记录、保管与会计记录、保管与稽核、出纳与会计、会计档案保管与收入、支出、费用、债权债务账目的登记等。
（七）优化控制环境
单位应当充分运用现代科学技术手段加强内部控制。对信息系统建设实施归口管理，将经济活动及其内部控制流程嵌入单位信息系统中，减少或消除人为操纵因素，保护信息安全。单位进行信息系统建设要规范信息系统开发、运行和维护流程，建立用户管理制度、系统数据定期备份制度、信息系统安全保密和泄密责任追究制度等措施，以保护信息安全。
单位应当加强内部控制文化建设。单位领导班子要身体力行，以身作则，带头遵守各项规章制度，在作出重大决策前要虚心听取群众意见，实行集体决策，培育遵纪守法意识。推进单位管理模式的转变，完善各项管理制度、业务流程，明确岗位职责，建立起依靠制度管理的模式，倡导爱岗敬业，培育出良好的内部控制环境。根据内部控制目标的影响程度和不同要求，分别制定适合不同层级人员的职业操守准则或者行为守则，并明确相应的监督约束机制。单位员工应遵守行为守则，加强职业道德修养和业务学习，自觉遵守与单位内部控制有关的各项规定，勤勉尽责。加强内部控制的宣传教育工作，形成先进引导、全员参与、整体互动的局面，构建共同认可的内部控制理念。